Símbolo do Onmyōton.
Onmyōton (陰陽遁, Elemento Yin-Yang) usa simultaneamente as naturezas Inton (relacionada à própria energia spiritual) e Yōton (relacionada à própria energia física), sendo necessárias ambas para moldar chakra para ninjutsu. De acordo com Yamato, a manipulação do Yin-Yang é a fonte das técnicas não-elementares tais como genjutsu, iryō ninjutsu, Kagemane no Jutsu, Baika no Jutsu, etc.
O Rikudō Sennin tinha tanto domínio sobre o Onmyōton que ele usou o Yin para fazer seus sonhos tomarem forma, e o Yang para tornar suas fantasias reais. Ele podia até mesmo dar vida a elas. De acordo com Tobi, a habilidade dele era chamada de Banbutsu Sōzō (万物創造, Criação de Todas as Coisas), que ele usou para criar os nove bijū do chakra do Jūbi. A técnica Izanagi é baseada nessa habilidade.